Дәрігер науқастың жайын күнделікті өмірімен бірге қарайды. Зерттеуші дерттің ізін тіннен, жасушадан, геннен іздейді. Менің жұмысым осы екі жолды ұштастырады. Ал ежелгі геномдар мен риф балықтары тіршіліктің уақыт пен ортаға қарай қалай өзгеретінін тануға көмектеседі.
Бүгінгі ізденісім
Geneformer арқылы генге ықпал етуді модельдеу
Қазір Geneformer арқылы генге ықпал етуді модельдеуге және CellOracle үлгісіндегі желілерді bulk RNA-seq деректеріне бейімдеуге ден қойып жүрмін. Болжамды тәжірибеде өлшенген жауаппен салыстырамын. Күрделі модель қарапайым тәсілден артық не береді? Негізгі сұрағым осы.
Жеке жасушалардың транскриптомында генді жоюды немесе оның экспрессиясын күшейтуді модельдеп, жасуша күйінің болжамды өзгерісін бағалаймын. Нәтижені модельді үйретуге қатыспаған донорлар мен тәуелсіз деректерде тексеремін. Кездейсоқ таңдалған гендермен салыстыру жауаптың сол генге тән екенін бағалауға көмектеседі.
Bulk RNA экспрессиясының өзгерісін болжау
CellOracle үлгісіндегі реттеуші желілерді bulk RNA-seq деректеріне бейімдеп, транскрипциялық фактордың өзгерісін модельдеймін. Болжамды генді өшіру не оның белсенділігін басу тәжірибесінің нәтижесімен салыстырамын. Байланыстары араластырылған желілер мен коэкспрессия модельдері желі құрылымының үлесін тексеруге мүмкіндік береді.
Транспозондар
Транспозондардың (TE) экспрессиясы да осы әдістермен қарастыратын мәселелерімнің бірі. Ықтимал реттеушілерді зерттеп, сигнал TE транскрипциясынан ба, әлде көршілес бөліктерден жалғасқан транскрипциядан ба, соны тексеремін.
Инфекциялар және антибиотиктерге төзімділік
H. pylori жөніндегі жұмысым Қазақстандағы науқастардан басталды. Әр бактерия өсіндісінің артында адам және оның ауру тарихы бар. Клиникалық мәліметтерді зертханалық өсінді нәтижесімен, антибиотиктерге сезімталдықпен салыстырамыз. Мұндағы мақсат жергілікті төзімділікті түсініп, ем таңдауына негіз болатын дерек жинау.
Науқас және дәрігерлік көмек
Дерттің кеш анықталуы мен генетикалық зерттеудің емге ықпалы мені көп ойландырады. Ауыр науқасты күн сайын күтетін маманның өз халі де назардан тыс қалмауы керек. Қатерлі ісік, иммундық аурулар мен паллиативтік көмек туралы еңбектерім осы мәселелерге арналған.
Ежелгі геномдар және полигендік көрсеткіштер
Ежелгі және қазіргі адам геномдары бойынша есептелген полигендік көрсеткіштерді салыстырамын. Бірақ ежелгі ДНҚ түгел сақталмаған. Ал қазіргі көрсеткіштер белгілі бір популяциялардың деректеріне сүйенеді. Сандарды салыстырмас бұрын, олардың тегі мен дәуірі бөлек адамдарға қаншалықты жарайтынын анықтау керек.
Мұхиттың қышқылдануы және транспозондар (TE)
Диссертациямда риф балығы Acanthochromis polyacanthus миының 72 транскриптомын зерттедім. Бақылау тобын CO₂ деңгейінің қысқа мерзімді, даму кезіндегі және ұрпақаралық әсеріне ұшыраған топтармен салыстырдым. Ата-аналық балықтардың сезімталдығы да ескерілді. Транскрипт санының өзгеруі әрі қарай зерттеуге себеп болады. Бірақ ол транспозондардың орын ауыстыруын да, ген қызметін реттеуін де өздігінен дәлелдемейді.
Ашық репозиторий ↗ · SOKENDAI қорындағы диссертация ↗
Мұндағы фотосуреттер Окинавадағы далалық жұмысымнан алынған. Ал эксперименттік деректердің төркіні бөлек: олар Австралиядағы Палм аралы маңынан ауланған балықтардың зертханада өсірілген ұрпағына тиесілі.
Машиналық оқыту және биоинформатика
Талдау жолын басқа зерттеуші де жүріп өте алатындай етіп құруға тырысамын. Бастапқы деректерді, қабылданған шешімдерді, нәтиже бермеген қадамдарды жазып отырамын. Әдіс дәл болғаны жөн. Бірақ оның қандай биологиялық сұраққа жауап беретінін де ұмытпау керек.
Ынтымақтастық
Әр еңбектің артында әріптестер мен ұстаздар тұрады. Қазақстан, Жапония, Австралия және АҚШ зерттеушілерімен бірге жұмыс істеу маған сұрақты дәл қоюды, нәтижені байыппен пайымдауды үйретті.