Дәрігер және зерттеуші
Адамға көмектесу. Тіршілікті түсіну.
Әуелі адамды тыңдаймын. Содан соң оның бойындағы өзгерістің себебін іздеймін. Дәрігерлік тәжірибе байқауға үйретсе, генетика мен деректерді талдау сол байқағанымды тексеруге жол ашады.
Жазған еңбектерім жұқпалы дерттерге, қатерлі ісікке, иммундық ауруларға арналған. Науқасқа күтім жасайтын мамандардың халін де зерттеймін. Докторлық жұмысымда ежелгі адам геномдарына және мұхит өзгерісіне риф балықтарының қалай жауап беретініне үңілдім.
Nazarbayev University-де медицина білімін алдым. SOKENDAI-де генетика бойынша диссертация қорғап, PhD дәрежесін алдым. Қазір Хоккайдо университетінде постдокторлық зерттеумен айналысамын.
Ізденіс сұрақтан басталады
Мақалаларым мен диссертациямнан
Алматыдағы антибиотиктерге төзімділік
Зерттеуге 150 науқас қатысты. Біз H. pylori бактериясының 86 тірі өсіндісін бөліп алып, антибиотиктерге сезімталдығын тексердік. Осылай жиналған жергілікті деректерді көршілес өңірлердегі зерттеулермен салыстырдық.
Мақала ↗
Науқастың жанынан табылатын жандар
Қазақстанда паллиативтік көмек көрсететін 60 маманмен сұхбаттастық. Жұмысының жанға түсіретін салмағын, кәсіби қажудың себебін білгіміз келді. Әрқайсысының өз еңбегіне қалай қарайтыны да маңызды еді.
Мақала ↗
Ежелгі геномдар және риф тіршілігі
Диссертациям екі тақырыпты қамтиды: ежелгі адам геномдарының полигендік көрсеткіштері және риф балықтары миының 72 транскриптомындағы транспозондарға қатысты транскрипттер. Екі зерттеуде де генетикалық дерек нені аңғартатынын, нені айта алмайтынын түсінуге тырыстым.
SOKENDAI қорындағы диссертация ↗Көркем бейнелер зерттеудің мазмұнын ашады. Суретті бассаңыз, түпнұсқа дереккөзін көресіз.
Бүгінгі ізденісім
Ген өзгерсе, жасуша жауабын болжай аламыз ба?
Bulk RNA экспрессиясының өзгерісін болжау
- Bulk RNA экспрессиясын өлшеу
- Реттеуші желіні құру
- Транскрипциялық фактор өзгерісін модельдеу
- Өлшенген жауаппен салыстыру
Қазір Geneformer арқылы генге ықпал етуді модельдеуге және CellOracle үлгісіндегі желілерді bulk RNA-seq деректеріне бейімдеуге ден қойып жүрмін. Болжамды тәжірибеде өлшенген жауаппен салыстырамын. Күрделі модель қарапайым тәсілден артық не береді? Негізгі сұрағым осы.
Geneformer арқылы генге ықпал етуді модельдеу
Жеке жасушалардың транскриптомында генді жоюды немесе оның экспрессиясын күшейтуді модельдеп, жасуша күйінің болжамды өзгерісін бағалаймын. Нәтижені модельді үйретуге қатыспаған донорлар мен тәуелсіз деректерде тексеремін. Кездейсоқ таңдалған гендермен салыстыру жауаптың сол генге тән екенін бағалауға көмектеседі.
Bulk RNA экспрессиясының өзгерісін болжау
CellOracle үлгісіндегі реттеуші желілерді bulk RNA-seq деректеріне бейімдеп, транскрипциялық фактордың өзгерісін модельдеймін. Болжамды генді өшіру не оның белсенділігін басу тәжірибесінің нәтижесімен салыстырамын. Байланыстары араластырылған желілер мен коэкспрессия модельдері желі құрылымының үлесін тексеруге мүмкіндік береді.
Транспозондар
Транспозондардың (TE) экспрессиясы да осы әдістермен қарастыратын мәселелерімнің бірі. Ықтимал реттеушілерді зерттеп, сигнал TE транскрипциясынан ба, әлде көршілес бөліктерден жалғасқан транскрипциядан ба, соны тексеремін.
Geneformer сызбасы мен bulk RNA жұмыс реті әдістерді түсіндіреді. Көркем фон зерттеу нәтижесі емес. Мұнда тәжірибеден алынған нәтижелер көрсетілмеген.
Ынтымақтастық
Нені білгіңіз келеді? Қолыңызда қандай дерек не үлгі бар? Жазыңыз, әңгімені содан бастайық.