Врач и исследователь
Понять болезнь. Помочь человеку.
Сначала нужно понять, что происходит с человеком. Потом искать объяснение. Врачебная практика учит меня замечать детали, а генетика и анализ данных помогают их проверить.
Я пишу об инфекциях, раке и болезнях иммунной системы. И о людях, которые заботятся о больных. В докторской работе я обратился к древним геномам человека и к рифовым рыбам, живущим в меняющемся океане.
Медицинское образование я получил в Nazarbayev University, степень PhD по генетике в SOKENDAI. Сейчас занимаюсь исследованиями в Университете Хоккайдо.
У каждого исследования свой вопрос
Избранные статьи и диссертация
Устойчивость к антибиотикам в Алматы
В нашем исследовании участвовали 150 пациентов. Мы выделили 86 жизнеспособных культур H. pylori и проверили их чувствительность к антибиотикам. Так появились местные данные, которые можно сопоставить с исследованиями соседних регионов.
Статья ↗
Те, кто рядом с больным
Мы беседовали с 60 специалистами паллиативной помощи в Казахстане. Нас интересовало, как они переживают свою работу, что приводит к эмоциональному истощению и как они понимают свой труд.
Статья ↗
Древние геномы и жизнь рифа
В диссертации я рассматривал две темы: полигенные оценки древних геномов человека и транскрипты, связанные с транспозонами, в 72 транскриптомах мозга рифовых рыб. В обоих случаях важно понять, что именно позволяет сказать генетический сигнал.
Диссертация в репозитории SOKENDAI ↗Художественные образы обрамляют исследование. Нажмите на рисунок, чтобы открыть первоисточник.
Над чем я работаю сейчас
Можно ли предсказать ответ клетки на изменение гена?
Предсказание изменений экспрессии в bulk RNA
- Измерить экспрессию bulk RNA
- Построить регуляторную сеть
- Смоделировать изменение транскрипционного фактора
- Сравнить с измеренным ответом
Сейчас я занимаюсь моделированием генетических воздействий в Geneformer и адаптацией сетей типа CellOracle к данным bulk RNA-seq. Предсказания я сверяю с измеренным ответом. Главный вопрос прост: даёт ли сложная модель больше, чем простой способ сравнения?
Моделирование воздействий в Geneformer
В данных отдельных клеток я имитирую удаление гена или усиление его экспрессии и оцениваю предсказанный сдвиг состояния клетки. Проверяю результат на донорах, не участвовавших в обучении, и на независимых данных. Сравнение со случайными генами помогает понять, насколько ответ специфичен.
Предсказание изменений экспрессии в bulk RNA
Я адаптирую регуляторные сети типа CellOracle к bulk RNA-seq, моделирую изменение транскрипционных факторов и сравниваю прогноз с измеренным ответом на выключение или подавление гена. Сети с перемешанными связями и модели коэкспрессии позволяют проверить, что именно добавляет структура сети.
Транспозоны
Экспрессия транспозонов (TE) служит ещё одной областью применения этих методов. Я изучаю возможные регуляторы и проверяю, отражает ли сигнал транскрипцию самого TE или прочитывание соседних участков.
Схема Geneformer и последовательность работы с bulk RNA объясняют методы. Фон является иллюстрацией. Экспериментальные результаты здесь не показаны.
Сотрудничество
Напишите, что вы хотите понять. Какие у вас есть наблюдения, данные или образцы? С этого и начнём.