医師・研究者
医学から問いを。生物学から答えを。
私の研究は、人、集団、あるいは生物についての問いから始まります。臨床での観察、遺伝学、計算解析を通じて、得られた証拠が何を示すのかを考えます。
感染症、がん、免疫疾患、そしてケアを担う人々について研究してきました。博士論文では、古代人のゲノムと、海洋環境の変化に対するサンゴ礁魚類の応答を扱いました。
医学の学位：Nazarbayev University。遺伝学博士：総合研究大学院大学（SOKENDAI）。現在は北海道大学で博士研究員として研究しています。
問いから研究をたどる
主な論文と博士論文
研究をイメージしたアートを添えています。図を開くと元の資料を確認できます。
現在の研究
遺伝子を変えたときの応答を、モデルは予測できるか。
bulk RNA発現の摂動予測
- bulk RNAの発現を測定
- 制御ネットワークを学習
- 転写因子の変化を模擬
- 実測の応答と比較
現在は、Geneformerによるin silico摂動と、bulk RNA-seqに応用したCellOracle型の摂動モデルに取り組んでいます。予測を実測の応答と照合し、単純な基準モデルを上回る情報が得られるかを検証しています。
Geneformerによるin silico摂動
単一細胞のトランスクリプトームで遺伝子の欠失や過剰発現を模擬し、細胞状態の変化を予測します。学習に使っていないドナーや独立したデータで確かめ、無作為に選んだ遺伝子への応答とも比較します。
bulk RNA発現の摂動予測
CellOracle型の遺伝子制御ネットワークをbulk RNA-seqに応用し、転写因子の変化を模擬します。予測した発現変化をノックアウトやノックダウンの実測値と比較し、接続を入れ替えたネットワークや共発現モデルでも検証します。
転移因子
転移因子（TE）の発現も、この研究の対象です。どの制御因子が関わるかを調べるとともに、TE自体の転写と周辺領域からの転写の読み通しを区別して解釈します。
Geneformerの図とbulk RNAの流れは手法の説明です。背景はイメージであり、実験結果を示すものではありません。
共同研究
取り組んでいる問いと、手元にあるデータや試料についてお聞かせください。